Klimatet är varmt och fuktigt med två tydliga årstider. Regnperioden, som sträcker sig från mitten av maj till mitten av november, med den största nederbörden i juli och augusti. Medan torrperioden omfattar de återstående månaderna av året. December och januari är de svalaste månaderna. Temperaturerna är dock mycket höga under hela året: genomsnittligt lägsta temperaturer ligger mellan 20ºC (i januari) och 26ºC (i oktober), medan den genomsnittliga högsta temperaturen ligger mellan 30ºC och 32ºC.
Man bör vara försiktig vid bad vid Guineabuktens stränder, då havsströmmarna är starka, även nära land.
Guinea-Bissau har varit förskonat från mer allvarligare naturkatastrofer med dramatiskt förlopp. Under regnperioden mellan maj och november kan dock våldsamma regn förekomma och orsaka översvämningar och jordskred.
