Regnsäsongen sträcker sig från maj till november. Tropiska stormar, orkaner samt kraftig nederbörd med översvämningar som följd kan förekomma under denna period. Information om väderförhållandena i landet kan erhållas via hemsidan för Costa Ricas meterologiska institut. Resenärer uppmanas även att hålla sig väl informerade om framkomligheten på landets vägar under denna period, exempelvis vid bilhyrning.
Seismologisk aktivitet förekommer i Costa Rica och mindre jordskalv är vanliga. Kraftigare jordskalv (omkring 6,0 på Richterskalan) förekommer också. Costa Rica har 16 vulkaner varav 4 är aktiva. Följ alltid de lokala säkerhetsrekommendationerna vid t.ex. bestigning av vulkaner i nationalparker.