Sekce obrany při velvyslanectví je přímo podřízená švédskému ministerstvu obrany. Její hlavní náplní je podpora a administrace švédsko – české vojenské spolupráce v různých oblastech. Spadá sem výměna zkušeností ohledně racionalizace v obraně, především v oblasti zaměstnanců, vzdělání a vybavení, spolupráce ve sféře životního prostředí, výzkumu a technického rozvoje a také účast na mezinárodních mírových misích.
Česká republika je členskou zemí NATO a Švédsko je členem přidružené organizace „Partnership for Peace" (PfP). Spolupráce v rámci PfP posiluje vzájemnou činnost a skýtá také více možností ke společnému vzdělávání a společnému výcviku švédských a českých vojenských jednotek, i jednotek z jiných členských států PfP. Výcvik nabízí dobrou pozici pro přípravu budoucích mírových misí.
Jakožto členské státy Evropské unie jsou Švédsko i Česká republika pracovními partnery při vytváření a udržování schopnosti řešení krizových situací. V budoucnosti může proto dojít k rozšíření švédsko – české vojenské spolupráce.
Sekce obrany při velvyslanectví se podílí na přípravách a realizaci náštěv vysoce postavených švédských vojenských činitelů. Sekce obrany též řeší diplomatické povolení, například při návštěvách švédského vojenského personálu, transporty švédských vojenských jednotek a vybavení do České republiky a rovněž povolení přeletů a přistání švédských státních přepravců.
Důležitým prvkem v dlouhodobé vynikající spolupráci je rozhodnutí České republiky z roku 2014 o prodloužení nájemní smlouvy na 14 letadel JAS 39 C/D Gripen nejméně do roku 2026. Tato spolupráce se slibně rozvíjí již od prvního podpisu dohody v roce 2004. Letouny JAS tak česká armáda používá od roku 2005.